Aunque está bastante abierto a debate qué es lo que significa «funcional«, la wikipedia en inglés nos ofrece la definición de lo que se considera «movimiento funcional»:

Movimiento funcional

Los movimientos funcionales son aquellos basados en situaciones biomecánicas del mundo real. De forma usual implican movimientos multiplanares o multiarticulares que ponen demandas en la musculatura e inervación del tronco (core).

Movimientos específicos del deporte

Los movimientos específicos del deporte tales como un swing de tenis o lanzar una bola de cricket, se basan en situaciones deportivas específicas. Aunque existe algo de aplicación de transferencia derivada de deportes específicos del deporte (tales como la carrera) normalmente son tan específicos que sobrepasan a los movimientos funcionales en complejidad, aunque tanto los movimientos deportivos como los funcionales dependen del tronco (core) del cuerpo.

Movimientos específicos del músculo

El levantamiento de pesas tradicional depende de rutinas diseñadas específicamente para músculos específicos, con la meta de conseguir una hipertrofia muscular específica. Por ejemplo un curl de biceps de concentración intenta aislar el bíceps braquial, aunque al agarrar el peso también se trabajan los flexores de muñeca. Estos ejercicios tienden a ser los más alejados del movimiento funcional, debido a su intento de microcontrolar las variables que actúan en un músculo individual. Los ejercicios funcionales, por otro lado, intentan incorporar tantas variables como sean posibles (equilibrio, múltiples articulaciones, múltiples planos de movimiento), disminuyendo por tanto la carga del músculo pero aumentando la complejidad de la coordinación motora y la flexibilidad.

Biomecánica

El movimiento funcional normalmente incluye bastante movilización motora del tronco (core) que se refiere a los músculos del abdomen y la columna, tales como estabilizadores segmentales.

y hasta aquí la definición de la wikipedia en inglés.

Consideraciones funcionales (por Maokoto)

Un movimiento es funcional si es aplicable a una situación real. El problema es que en nuestra sociedad el sedentarismo está tan extendido, que existen pocos movimientos que nos veamos obligados a realizar. Sin embargo, todavía no es raro que tengamos que levantar algo del suelo (Peso Muerto) o que tengamos que subir algo a algún sitio (cargada, press sobre la cabeza). Por supuesto estas cosas se hacen en la vida real con pesos muy moderados. Sin embargo si imaginamos tiempos pasados, como cuando se trabajaba en el campo o en granjas, encontramos mucho más sentido a la definición de movimiento funcional presentada.

movimiento no funcional

No muy funcional que digamos...

El simple hecho de complicar un ejercicio para que muchas factores entren en cuenta, como hacer sentadillas a una pierna sujetando una barra sobre la cabeza mientras estamos de pie en una pelota, no significa ser funcional. Salvo que trabajes en un circo y hagas eso todos los días.

Definición extraída del artículo «Functional movement» de la Wikipedia en Inglés.